boolean outputAsDir) throws IOException{
File rootOrig = Util.extractZip(new File(origJar));
File rootMod = Util.extractZip(new File(modJar));
FilesPatch fp = FilesPatch.generate(rootOrig, rootMod);
if(outputAsDir)
fp.serializeToDir(new File(out));
else
fp.serializeToZip(new File(out));
Util.remDir(rootOrig);
Util.remDir(rootMod);
}