GenomeLoc last = null;
List<GenomeLoc> contigLocs = null;
for (GenomeLoc loc: sorted) {
if (GenomeLoc.isUnmapped(loc))
continue;
if (last == null || !last.onSameContig(loc)) {
contigLocs = new ArrayList<GenomeLoc>();
splits.put(loc.getContig(), contigLocs);
}
contigLocs.add(loc);
last = loc;