/*
* To change this template, choose Tools | Templates
* and open the template in the editor.
*/
package common.inspect;
import fork.lib.base.file.io.txt.ReadTable;
import fork.lib.base.format.collection.FormatOp1D;
import java.io.File;
import java.util.HashMap;
import java.util.Iterator;
/**
*
* @author forksapien
*/
public class ClassifierFour extends Classifier{
protected String tag;
protected File fu, fd;
public ClassifierFour(File fu, File fd, String tit) throws Exception{
super(tit);
this.tag= tit;
this.fu=fu;
this.fd=fd;
init();
}
protected void init() throws Exception{
sets.add(new GeneSet(tag+"_h5l3"));
sets.add(new GeneSet(tag+"_h5h3"));
sets.add(new GeneSet(tag+"_l5l3"));
sets.add(new GeneSet(tag+"_l5h3"));
sets.add(new GeneSet(tag+"_n"));
String[] ids= new ReadTable(fu).getColumn(3);
double[] v5s= FormatOp1D.objToDouble( new ReadTable(fu).getColumn(4) );
double[] v3s= FormatOp1D.objToDouble( new ReadTable(fd).getColumn(4) );
for(int i=0; i<v5s.length ; i++){
String id= ids[i];
double v5= v5s[i];
double v3= v3s[i];
if(v5>50){
if(v3<1){
sets.get(0).add(id);
}else if(v3>5){
sets.get(1).add(id);
}else{
sets.get(4).add(id);
}
}else if(v5<5){
if(v3<1){
sets.get(2).add(id);
}else if(v3>5){
sets.get(3).add(id);
}else{
sets.get(4).add(id);
}
}else{
sets.get(4).add(id);
}
}
}
}